第二天醒来之后，燕皓重新回到了底城。刚一到底城，他就被希尔科拦住，带到了试验基地。交谈之后，发现希尔科用人体作生化实验，二人理念不和，大打出手。但生化体某些单项数据比燕皓还高，他只能先行逃离。
逃离途中，燕皓忽然发现马可斯与希尔科同流合污，在无人巷道狙击他，重伤之下，燕皓坐船逃离了皮尔特沃夫，来到了下游的港口，一个叫做守望之海的地方，在这里，他碰见了张铁牛和附体铁牛的阿杰。交谈之后，燕皓知道了这现在是阿杰的‘过去’。
但既然阿杰出现了，燕皓就疑惑孙悟空为什么没有来。阿杰告诉他孙悟空之所以没有过来，是因为他体内没有了命竹，假丹也不被壹号智脑认可，所以孙悟空没办法偷渡过来。而阿杰自己可以过来，是因为铁牛命竹通脉之后，海克斯的力量化作了他的一条主要脉络。
再之后，燕皓借助未来海克斯科技的力量，以塔利斯家族少主的名义，重新回到了底城，并且成为一名议员。为了完成任务，他把蔚抓过来，处决之时听从阿杰的意见，让他成为一名底城执法官，戴罪立功。与此同时，范德尔身死希尔科的实验室，生化科技被被燕皓连锅端起，希尔科不知所踪，场景1-2开启。
第二阶段来临，两个阿杰合为一体，提前开启了超神基因的研究，黑默丁格研究有成，拥有神体之后可以窥见未来，不知所踪。燕皓和铁牛学习海克斯理论之后，拥有了数千种海克斯赋予的天赋能力，但这些理论泄露，被某些议员透露给希尔科，再度现身之后他同样拥有了不凡的能力，场景1-3开启。
希尔科通过某种能力改变了自身基因，湮没的王朝恕瑞玛再度复苏，皮城和底城大战变成了两国之战。楚小刀原本处于王朝深渊之下，依附希尔科之后改变基因，完全魔化并且时空。阿杰提议用海克斯和百城联邦压制心魔的办法，帮助楚小刀，但效果不大，最后，众人没有办法，只能将楚小刀杀死，回到了现世。
现世之中，楚小刀精神出现了问题，没有办法解决，只能等到太乙战院开学。之后，众人战院的老师竟然有贺毓秀，他一出手，暂时解决了楚小刀的问题。再之后，众人知道了所谓的虚拟世界，其实都是真实的，只不过世界位格比较低。高考之前可以以意识穿越过去，但之后就必须以真实肉身穿越过去，生死危机直线提升。但要保证现实世界安稳正常，就必须把命竹修炼之法传遍诸天万界，壹号智脑也会以此作为考核。往后四年里，燕皓、楚小刀和铁牛作为铁三角，穿越了无数世界，突破通脉境毕业。
燕皓突破通脉境之后，金丹大成，掀起了百城联邦的变革。与此同时，燕腾冲来袭，想要祭拜太乙山祖师，但因为当年内丹魔道，不备允许，由此拉开了一场大战。太乙宗主和燕腾冲实力强劲，没人能够参与到战斗中，壹号智脑发现二人战斗的余波对世界破坏力极强，准备制止，关键关头被贺毓秀背刺，无数经历过的低位格世界全都浮现在天空之中，大恐怖降临，现实世界被迫与他们融合。
至此之后，所有人都必须穿梭诸天世界，种下命竹种子，加固现实世界的底蕴。但所有人都没有想到，在现实世界之上，还有一个位格更高的世界，燕皓带着身体中的孙悟空进入其中探索，发现这一个世界名为洪荒。因为孙悟空的关系，燕皓瞬间专修九转玄功，终于立足。但这个世界的敌人还是很强，二人无奈之下只能回去。想要再度过去，就必须突破到大罗金仙。孙悟空因为神话流传甚广，每个世界都有他的传说，于是孤身征战十二万九千六百个世界碎片，回来之时已经证道大罗。燕皓在一个小世界中潜修九转玄功，离大罗只差临门一脚，这个时候，他发现这些世界碎片原本就是一个世界分化出去的。于是他用伪大罗境界在身体中凝聚出一颗命竹，统领诸天命竹，将所有世界的命竹融成了一颗，诸天因此归为一个世界，他也证道大罗。
再之后，他发现这个世界之所以破碎，是有人想复活他，强行改变时间长河的上游，造成了世界意志破损，而这个人就是楚小刀。等他再度找见楚小刀的时候，发现他已经被原本的世界意志侵占了一半的灵魂，不人不魔。为了拯救楚小刀，只能把他带到洪荒世界里面，寻求解决办法。
了解到天地之中还有最后一丝鸿蒙紫气，可以瞬间让楚小刀恢复神志并且直接成圣，燕皓和孙悟空建立了一方势力，接引自身世界并入洪荒。至此量劫开始，两方世界征战不休，天庭、佛教都想吸纳力量，强攻燕皓的世界。壹号智脑被燕皓和孙悟空不断升级，成为了第三千零一条大道，瞬间速成无数强者，将洪荒势力压制了回去，燕皓的世界也因此终于并入洪荒，称作壹号大陆。这一量劫被后人成为壹号风暴。
量劫过后，壹号智脑的意识凝聚出实体，同样拥有了大罗境界。为了拯救楚小刀，壹号智脑遍搜天下，终于找到了最后一缕鸿蒙紫气。燕皓、孙悟空、壹号智脑三人顿时前去寻找，与此方世界的规则博弈，最终，以壹号智脑归附为代价，鸿蒙紫气被燕皓所得。
楚小刀获得鸿蒙紫气之后，神志恢复，告诉燕皓，其实壹号智脑是他死去的肉体重新聚灵所产生的意识，被他改造成了机械生命，就是为了燕皓能够重新复活。而壹号智脑归附洪荒天道，也在他的预想之中，因为只有这样，他楚小刀才能复活。
燕皓知晓前因后果之后，发现自己不过是平行时空的一缕残魂，顿时失魂落魄，以大罗法力和楚小刀的记忆，重新塑造了一个小千世界，前往其中准备经历一番......